Logit
Softvér Logit slúži na automatickú detekciu funkčných závislostí v nameraných experimentálnych dátach pomocou metód logistickej regresie a na vyhľadanie a validáciu predikčných klasifikačných modelov.
Funkcionalita
- Spracovanie a normalizácia vstupných dát, doplnenie chýbajúcich hodnôt, odfiltrovanie šumu a automatická selekcia dôležitých atribútov z veľkej množiny vstupných atribútov.
- Testovanie vytvorených hypotéz, ukladanie natrénovaných modelov, predikcia dát s neznámou triedou príslušnosti, vizualizácia dát a výsledkov analýzy.
- Odhad potrebného počtu vzoriek na minimalizáciu pretrénovania modelu logistickej regresiu využitím generovania vzoriek z guasovského mixného modelu.
Príklad využitia: Identifikácia rozdielností v imunitných parametroch pacientov užívajúcich liečivo verzus placebo. Na množine pacientov (18 placebo, 35 liečivo) bol identifikovaný dvojrozmerný predikčný model, ktorý diskriminuje pacientov s úspešnosťou 77%.
Logit môže bežať buď lokálne alebo v serverovom móde kde výpočtovo náročné časti algoritmu bežia na serveri.
Logit bol vyvinutý v spolupráci s Ústavom experimentálnej onkológie SAV.
Produkty
- ADICyt na automatizované klastrovanie dát z prietokovej cytometrie
- ADprot na automatizované vyhľadávanie dát v proteínových databázach
- ExProf na zostavovanie a porovnávanie expresných profilov
- InDelFinder na automatizované vyhľadávanie mutácií v sekvenciách DNA
- Logit na automatickú detekciu závislostí v dátach pomocou logistickej regresie
- MultipluginG na pridanie funkcionality k programu Geneious pre potreby NextGen sekvenovania
- Parent Prophet na zisťovanie príbuzenstva ľubovoľných osôb